Une version mutée du variant Omicron pourrait ralentir la forte baisse des cas, mais il est peu probable qu'elle change le cours général de la pandémie, affirment les scientifiques.
Par Carl Zimmer
Ces derniers jours, les gros titres sur une variante « invisible » d’Omicron ont évoqué l’idée qu’une nouvelle forme malveillante du coronavirus crée secrètement une nouvelle vague désastreuse de COVID-19.
Selon les scientifiques, ce scénario est assez improbable. Cependant, la nouvelle variante, qui porte le nom scientifique BA.2 et qui est l’une des trois branches de la famille virale omicron, pourrait prolonger la vague omicron dans une grande partie du monde.
Jusqu’à présent, le BA.2 ne semble pas provoquer de maladie plus grave, et les vaccins sont aussi efficaces contre lui que contre d’autres formes d’omicron. Cependant, il montre des signes de propagation plus facile.
« Cela pourrait signifier des pics d'infections plus élevés dans des endroits qui n'ont pas encore atteint un pic et un ralentissement des tendances à la baisse dans des endroits qui avaient déjà connu un pic avec la variante omicron », a déclaré Thomas Peacock, virologue à l'Imperial College de Londres.
En novembre 2021, des chercheurs sud-africains ont été les premiers à tirer la sonnette d’alarme concernant l’omicron, qui présentait 53 mutations le différenciant de la souche initiale de coronavirus isolée à Wuhan, en Chine. Certaines de ces mutations lui ont permis d’échapper aux anticorps produits par les vaccins ou les infections antérieures. D’autres mutations semblent entraîner une concentration du variant dans les voies respiratoires supérieures plutôt que dans les poumons. Depuis lors, les changements génétiques de l’omicron en ont fait la variante dominante dans le monde.
Cependant, quelques semaines après l’apparition d’Omicron, des chercheurs en Afrique du Sud ont commencé à découvrir quelques variantes mystérieuses lui ressemblant. Les virus partageaient certaines des mutations caractéristiques de l'omicron, mais en manquaient d'autres. Ils avaient également certaines mutations qui leur étaient propres et qui étaient uniques.
Il est rapidement devenu évident que l’omicron était composé de trois branches distinctes issues d’un ancêtre commun. Les scientifiques ont nommé les branches BA.1, BA.2 et BA.3.
Les premiers échantillons d'omicron appartenaient à BA.1. Le BA.2 était moins courant. BA.3, qui était encore plus inhabituel, semble être le produit d'une sorte de sexe viral : BA.1 et BA.2 ont infecté une personne en même temps, et leurs gènes se sont mélangés pour créer un nouvel hybride viral.
Au début, les scientifiques ont concentré leur attention sur BA.1 car il était 1 000 fois plus nombreux que les autres. Une bonne séquence facilitait son suivi.
Les tests PCR standard détectent généralement trois gènes du coronavirus. Cependant, les tests ne peuvent identifier que deux de ces gènes dans BA.1 en raison d'une mutation dans le troisième gène, connu sous le nom de spike.
En décembre, des chercheurs en Afrique du Sud ont découvert un nombre croissant de tests PCR qui ne parvenaient pas à détecter le gène Spike, signe que BA.1 devenait plus courant (la variante dominante à l'époque, connue sous le nom de delta, ne provoquait pas d'échecs de Spike dans les tests PCR). À mesure que la présence de l’omicron augmentait, celle du variant delta diminuait.
Contrairement à BA.1, BA.2 ne présente pas la mutation de pointe qui provoque des erreurs dans les tests PCR. Étant donné que les tests PCR ne peuvent pas être utilisés pour suivre BA.2, certains scientifiques l’ont surnommé la version « invisible » d’omicron.
Cependant, BA.2 n’était pas invisible : les chercheurs pouvaient toujours le suivre en analysant les séquences génétiques des échantillons de tests positifs. Et une fois que le virus delta a presque disparu, les scientifiques ont pu utiliser des tests PCR pour faire la différence entre BA.1 et BA.2 : les échantillons qui ont provoqué les erreurs de pic contenaient BA.1, tandis que ceux qui n'ont pas provoqué d'erreurs contenaient BA.2.
Ces dernières semaines, le BA.2 est devenu plus courant dans certains pays. Au Danemark, le BA.2 représente 65 pour cent des nouveaux cas, a rapporté jeudi le Statens Serum Institute. Cependant, jusqu’à présent, les chercheurs de cet institut ont constaté que les personnes infectées par BA.2 ne sont ni plus ni moins susceptibles d’être hospitalisées que celles infectées par BA.1.
Vendredi, le gouvernement britannique a publié une autre analyse préliminaire du variant BA.2, constatant que ce variant ne représente qu'un faible pourcentage des cas dans ce pays. Cependant, des études menées dans toute l’Angleterre montrent qu’il se développe plus rapidement que BA.1 car il est plus transmissible.
La découverte la plus rassurante des chercheurs britanniques est que les vaccins sont aussi efficaces contre BA.2 que contre BA.1.
À l’aide d’échantillons de tests récents, Trevor Bedford, expert en virus au Fred Hutchinson Cancer Research Center de Seattle, a découvert un schéma similaire dans les séquences virales aux États-Unis. Bedford a estimé qu'environ huit pour cent des cas aux États-Unis étaient BA.2 et a ajouté que ce nombre augmente rapidement.
« Je suis assez confiant que ce sera la variante dominante aux États-Unis, mais je ne sais pas encore ce que cela signifiera pour la pandémie », a déclaré Nathan Grubaugh, épidémiologiste à la Yale University School of Public Health.
Il est possible que BA.2 produise une nouvelle vague, mais Grubaugh pense qu'il est plus probable que les cas de COVID-19 continuent de diminuer dans les semaines à venir. Il est également possible que BA.2 crée un petit rebond dans le déclin ou ralentisse simplement la chute. Les expériences en cours sur BA.1 pourraient aider les scientifiques à améliorer leurs projections.
À l'adresse : https://www.nytimes.com/es/2022/02/01/espanol/variante-omicron-sigilosa-ba2.html