Par Miguel Ángel Jiménez Clavero
Virologiste et professeur de recherche, Institut national de recherche et de technologie agricoles et alimentaires (INIA)
On parle beaucoup ces temps-ci d'une nouvelle variante du SARS-CoV-2, plus précisément d'une sous-variante de la variante Delta connue sous le nom d'« AY4.2 », et que certains médias ont popularisée sous le nom de « variante Delta plus ».
Comme lors de précédents épisodes de cette pandémie, les situations de plus grande gravité épidémiologique, en l'occurrence en Angleterre, ont été attribuées à un variant qui est certainement en progression dans la région, sans tenir compte d'autres facteurs pouvant expliquer l'augmentation de l'incidence. Par exemple, le relâchement des mesures de contrôle non pharmaceutiques telles que le port du masque, la distanciation sociale, la ventilation, etc.
Dans cet article, je tenterai de résumer les connaissances encore limitées disponibles sur cette sous-variante. Je m'attacherai notamment à certains arguments particulièrement pertinents pour mieux évaluer le risque qu'elle représente actuellement.
Qu'est-ce qui le différencie ?
Según el Centro de Control de Enfermedades de los EE.UU (CDC), esta subvariante AY4.2 es aún poco prevalente (<0.005%) en el país. Dicen que “ha sido detectada ocasionalmente” pero no hay incrementos sustanciales hasta ahora.
En ce qui concerne l'Angleterre, il semblerait que cette sous-variante « se développe » et représente déjà 6 % des variantes séquencées, selon l'Agence britannique de protection de la santé.
Ce qui le distingue, ce sont deux modifications (mutations) de la protéine Spike qui pourraient lui conférer un certain avantage, bien que cela reste à confirmer. En réalité, ces deux mutations étaient déjà apparues dans d'autres variants (absents du variant Delta) sans entraîner de changements phénotypiques (comportementaux) significatifs chez les virus qui les portaient.
Le CDC a déclaré qu’« il n’existe aucune preuve que ce variant ait un impact sur les vaccins et les traitements actuels ». Parallèlement, l’ancien commissaire de la FDA, Scott Gottlieb, affirme que pour comprendre le risque réel de ce variant, « des recherches supplémentaires sont nécessaires » et qu’il pourrait être « légèrement plus transmissible » (jusqu’à 10 % de plus, selon certaines sources), mais que cela n’est pas alarmant.
François Balloux, spécialiste en génétique, évolution et biologie computationnelle à l'University College London, soutient que ce phénomène n'est pas comparable à l'émergence des variants bêta ou delta qui, selon certaines estimations, étaient 50 % plus transmissibles que leurs prédécesseurs. Dans le cas du variant delta plus, conclut-il, il ne s'agit que d'une « augmentation potentiellement faible de la transmissibilité, sans impact comparable sur la pandémie ».
Au Royaume-Uni , où les variants sont surveillés de plus près, une augmentation significative a été observée récemment. Certains experts avancent que cela pourrait simplement être dû à un effet aléatoire, influencé par le comportement humain et l'assouplissement des mesures de contrôle.
Au Danemark , autre pays où la surveillance des variants est intensive (et aussi précise qu'au Royaume-Uni), le sous-variant AY4.2 est déjà en recul après avoir atteint une prévalence de 2 %. Cela suggère que ce qui se passe au Royaume-Uni avec ce sous-variant n'est pas applicable ailleurs. De plus, si ce sous-variant présente effectivement un léger avantage en termes de transmissibilité, celui-ci peut être compensé par des mesures de contrôle renforcées.
Une variante intéressante, mais sans intérêt.
De plus, la sous-variante AY4.2 est considérée comme une « variante d’intérêt » car elle est légèrement plus transmissible (et son suivi et des études complémentaires sont donc recommandés). Cependant, elle ne relève pas de la catégorie des « variantes préoccupantes » car rien n’indique une virulence accrue ni une plus grande capacité à échapper à la réponse immunitaire naturelle contre d’autres souches du virus ou à la réponse immunitaire induite par les vaccins.
En bref:
• Cette sous-variante nécessite encore des études complémentaires.
• Les données disponibles indiquent qu'elle ne présente pas autant de risques que les variantes précédentes.
• L’alarmisme suscité par ce phénomène n’est pas justifié.