Spyros Lytras, Wei Xia, Joseph Hughes, Xiaowei Jiang, David L.
Bien que le virus ait été détecté pour la première fois en décembre 2019, on suppose que le COVID-19 était présent dans la province du Hubei, en Chine, depuis environ un mois auparavant.
D’où provient cette nouvelle maladie humaine ?
Pour comprendre l'origine de la pandémie de COVID-19, il est nécessaire de remonter à 2002. À cette époque, un nouveau coronavirus respiratoire est apparu à Foshan, dans la province du Guangdong, en Chine, et s'est propagé dans 29 pays. Au total, environ 8 000 personnes ont été infectées par le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV) avant que des mesures de santé publique ne permettent de maîtriser sa propagation en 2003. L'origine zoonotique du SRAS-CoV a par la suite été liée à la présence d'animaux vivants sur les marchés. À Guangzhou, dans le Guangdong, d'autres foyers sporadiques de SRAS-CoV d'origine animale sont survenus, et certains chercheurs travaillant avec des virus en culture ont été infectés lors d'accidents de laboratoire (3), mais le SRAS-CoV a finalement été éradiqué de la population humaine. Le commerce d'animaux hôtes sensibles constitue un point commun important entre les origines du SRAS et de la COVID-19.
Trois ans après le début de l'épidémie de SRAS, des recherches ont révélé que des chauves-souris fer à cheval (Rhinolophus) en Chine hébergeaient des coronavirus apparentés. Ces derniers constituent collectivement l'espèce du coronavirus apparenté au SRAS (SARS-CoV), qui comprend le sous-genre Sarbecovirus du genre Betacoronavirus. On a supposé qu'un sarbecovirus circulant chez les chauves-souris fer à cheval avait introduit l'ancêtre du SARS-CoV chez un hôte animal intermédiaire, très probablement la civette. Bien que d'autres hôtes intermédiaires potentiels du SARS-CoV aient été identifiés, notamment le chien viverrin et le blaireau (vendus avec les civettes sur les marchés d'animaux), il semble que ce soit une population de civettes présente sur les marchés qui ait servi de vecteur de transmission à l'homme à partir du réservoir de SARS-CoV que représentent les chauves-souris fer à cheval, plutôt que la civette elle-même étant une espèce hôte réservoir à long terme. On suppose qu'une civette en captivité a été initialement infectée par contact direct avec des chauves-souris, par exemple lorsque celles-ci cherchaient de la nourriture dans des fermes ou sur des marchés, ou qu'elle était infectée avant sa capture. Après l'épidémie de SRAS, le renforcement de la surveillance a révélé la menace immédiate que représentaient les sarbécovirus transmis par les chauves-souris fer à cheval. Malgré cet avertissement clair, un autre membre de l'espèce SARSr-CoV, le SARS-CoV-2, a émergé en 2019 et s'est propagé avec une efficacité sans précédent chez l'humain. L'Institut de virologie de Wuhan (IVW), situé dans la province du Hubei, est suspecté d'être à l'origine de la pandémie, car, à ce jour, aucun hôte intermédiaire du SARS-CoV-2 n'a été identifié dans cette région, du fait de sa situation géographique.
Le SARS-CoV-2 est apparu pour la première fois à Wuhan, ville située à 1 500 km du sarbécovirus naturel le plus proche, isolé chez des chauves-souris fer à cheval dans la province du Yunnan. Cette situation soulève une question : comment le SARS-CoV-2 est-il arrivé à Wuhan ? Depuis son apparition, des analyses ont révélé que des coronavirus génétiquement proches du SARS-CoV-2 circulent chez les chauves-souris fer à cheval, largement répandues d’est en ouest en Chine, ainsi qu’en Asie du Sud-Est et au Japon. L’étendue géographique des hôtes réservoirs potentiels, comme les espèces de chauves-souris fer à cheval intermédiaires (R. affinis) ou mineures (R. pusillus), connues pour être infectées par des sarbécovirus, suggère que se focaliser uniquement sur le Yunnan est inapproprié (5). Confirmant cette hypothèse, on estime que les plus proches parents évolutifs des sarbecovirus de chauve-souris partagent un ancêtre commun avec le SARS-CoV-2 il y a au moins 40 ans, ce qui démontre que ces virus collectés au Yunnan sont très divergents de l'ancêtre du SARS-CoV-2. Le premier de ces virus signalé par l'Institut de virologie de Wuhan (WIV), RaTG13, est certainement trop divergent pour être l'ancêtre du SARS-CoV-2, apportant ainsi une preuve génétique essentielle qui réfute l'hypothèse d'une fuite de laboratoire. De plus, trois autres sarbecovirus collectés au Yunnan indépendamment du WIV sont désormais les coronavirus de chauve-souris les plus proches du SARS-CoV-2 identifiés à ce jour : RmYN02, RpYN06 et PrC31.
Comment le SARS-CoV-2 a-t-il été transmis à l'homme ? Bien qu'une transmission par contact direct entre chauves-souris et humains soit possible (un risque connu pour le SARS-CoV), les premiers cas de SARS-CoV-2 détectés en décembre 2019 sont liés aux marchés d'animaux vivants de Wuhan. Ceci concorde avec les multiples cas de transmission associés à ce marché en novembre et décembre. Il est actuellement impossible de déterminer avec certitude l'origine animale du SARS-CoV-2, mais il est important de noter que des animaux vivants, notamment des civettes, des renards, des visons et des chiens viverrins – tous sensibles aux sarbécovirus – étaient en vente sur les marchés de Wuhan, y compris le marché de Huanan (identifié comme l'épicentre de l'épidémie à Wuhan), tout au long de l'année 2019. Nombre de ces animaux sont élevés à grande échelle pour leur fourrure, puis vendus sur les marchés. Certaines de ces espèces d'élevage (visons d'Amérique, renards roux et chiens viverrins) étaient vendues vivantes comme nourriture par des marchands d'animaux à Wuhan, de même que des animaux sauvages piégés (notamment des chiens viverrins et des blaireaux), bien qu'aucune espèce de chauve-souris ne fût proposée à la vente. L'ensemble de ces éléments suggère un rôle central des hôtes intermédiaires vivants susceptibles d'être infectés par le SARS-CoV-2.